Construction of a binary bacterial artificial chromosome library of<i>Petunia inflata</i>and the isolation of large genomic fragments linked to the self-incompatibility (<i>S-</i>) locus
Notice bibliographique
Résumé
The Solanaceae family of flowering plants possesses a type of self-incompatibility mechanism that enables the pistil to reject self pollen but accept non-self pollen for fertilization. The pistil function in this system has been shown to be controlled by a polymorphic gene at the S-locus, termed the S-RNase gene. The pollen function is believed to be controlled by another as yet unidentified polymorphic gene at the S-locus, termed the pollen S-gene. As a first step in using a functional genomic approach to identify the pollen S-gene, a genomic BAC (bacterial artificial chromosome) library of the S2S2 genotype of Petunia inflata, a self-incompatible solanaceous species, was constructed using a Ti-plasmid based BAC vector, BIBAC2. The average insert size was 136.4 kb and the entire library represented a 7.5-fold genome coverage. Screening of the library using cDNAs for the S2-RNase gene and 13 pollen-expressed genes that are linked to the S-locus yielded 51 positive clones, with at least one positive clone for each gene. Collectively, at least 2 Mb of the chromosomal region was spanned by these clones. Together, three clones that contained the S2-RNase gene spanned approximately 263 kb. How this BAC library and the clones identified could be used to identify the pollen S-gene and to study other aspects of self-incompatibility is discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».