Novel, Divergent Simian Hemorrhagic Fever Viruses in a Wild Ugandan Red Colobus Monkey Discovered Using Direct Pyrosequencing
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Simian hemorrhagic fever virus (SHFV) has caused lethal outbreaks of hemorrhagic disease in captive primates, but its distribution in wild primates has remained obscure. Here, we describe the discovery and genetic characterization by direct pyrosequencing of two novel, divergent SHFV variants co-infecting a single male red colobus monkey from Kibale National Park, Uganda. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: The viruses were detected directly from blood plasma using pyrosequencing, without prior virus isolation and with minimal PCR amplification. The two new SHFV variants, SHFV-krc1 and SHFV-krc2 are highly divergent from each other (51.9% nucleotide sequence identity) and from the SHFV type strain LVR 42-0/M6941 (52.0% and 51.8% nucleotide sequence identity, respectively) and demonstrate greater phylogenetic diversity within SHFV than has been documented within any other arterivirus. Both new variants nevertheless have the same 3' genomic architecture as the type strain, containing three open reading frames not present in the other arteriviruses. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: These results represent the first documentation of SHFV in a wild primate and confirm the unusual 3' genetic architecture of SHFV relative to the other arteriviruses. They also demonstrate a degree of evolutionary divergence within SHFV that is roughly equivalent to the degree of divergence between other arterivirus species. The presence of two such highly divergent SHFV variants co-infecting a single individual represents a degree of within-host viral diversity that exceeds what has previously been reported for any arterivirus. These results expand our knowledge of the natural history and diversity of the arteriviruses and underscore the importance of wild primates as reservoirs for novel pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».