Genomic properties of Marine Group A bacteria indicate a role in the marine sulfur cycle
Notice bibliographique
Résumé
Marine Group A (MGA) is a deeply branching and uncultivated phylum of bacteria. Although their functional roles remain elusive, MGA subgroups are particularly abundant and diverse in oxygen minimum zones and permanent or seasonally stratified anoxic basins, suggesting metabolic adaptation to oxygen-deficiency. Here, we expand a previous survey of MGA diversity in O2-deficient waters of the Northeast subarctic Pacific Ocean (NESAP) to include Saanich Inlet (SI), an anoxic fjord with seasonal O2 gradients and periodic sulfide accumulation. Phylogenetic analysis of small subunit ribosomal RNA (16S rRNA) gene clone libraries recovered five previously described MGA subgroups and defined three novel subgroups (SHBH1141, SHBH391, and SHAN400) in SI. To discern the functional properties of MGA residing along gradients of O2 in the NESAP and SI, we identified and sequenced to completion 14 fosmids harboring MGA-associated 16S RNA genes from a collection of 46 fosmid libraries sourced from NESAP and SI waters. Comparative analysis of these fosmids, in addition to four publicly available MGA-associated large-insert DNA fragments from Hawaii Ocean Time-series and Monterey Bay, revealed widespread genomic differentiation proximal to the ribosomal RNA operon that did not consistently reflect subgroup partitioning patterns observed in 16S rRNA gene clone libraries. Predicted protein-coding genes associated with adaptation to O2-deficiency and sulfur-based energy metabolism were detected on multiple fosmids, including polysulfide reductase (psrABC), implicated in dissimilatory polysulfide reduction to hydrogen sulfide and dissimilatory sulfur oxidation. These results posit a potential role for specific MGA subgroups in the marine sulfur cycle.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,014 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».