Validating the identity of Paramoeba invadens, the causative agent of recurrent mass mortality of sea urchins in Nova Scotia, Canada
Notice bibliographique
Résumé
Green sea urchins Strongylocentrotus droebachiensis along the coast of Nova Scotia, Canada, suffer mass mortalities from infection by the pathogenic amoeba Paramoeba invadens Jones, 1985. It has been speculated that P. invadens could be a form of Neoparamoeba pemaquidensis, a species associated with disease in S. droebachiensis and lobsters in the northeast USA. During a disease outbreak in fall 2011, we isolated amoebae from moribund urchins collected from 4 locations along ~200 km of coastline. In laboratory infection trials, we found that timing and rate of morbidity corresponded to that of similar experiments conducted in the early 1980s, when P. invadens was first identified. All isolates had a similar size and morphology to the original description, including an absence of microscales. Sequences of nuclear SSU rDNA show that disease was caused by one 'species' of amoeba across the range sampled. Phylogenetic analyses prove that P. invadens is not conspecific with N. pemaquidensis, but is a distinct species most closely related to N. branchiphila, a suspected pathogen of sea urchins Diadema aff. antillarum in the Canary Islands, Spain. Morphology and closest phylogenetic affinities suggest that P. invadens would be assignable to the genus Neoparamoeba; however, nuclear SSU rDNA trees show that Neoparamoeba and Paramoeba are phylogenetically inseparable. Therefore, we treat Neoparamoeba as a junior synonym of Paramoeba, with P. invadens retaining that name, and N. pemaquidensis and N. aestuarina reverting to their original names (P. pemaquidensis and P. aestuarina), and with new combinations for N. branchiphila Dykova et al., 2005, and N. perurans Young et al., 2007, namely P. branchiphila comb. nov. and P. perurans comb. nov.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».