Real-time PCR quantification of <i>Colletotrichum coccodes</i> DNA in soils from bioherbicide field-release assays, with normalization for PCR inhibition
Notice bibliographique
Résumé
A real-time polymerase chain reaction (PCR) assay was developed to quantify simultaneously the biocontrol agent Colletotrichum coccodes (DAOM 183088) and soil compounds inhibitory to PCR. The external control used in this assay was spiked at known concentrations in soil DNA extracts and amplified in real-time PCR with its own primer set. A comparison between the estimated quantities of the external control and the known quantities added to the extracts allowed an estimation of the PCR efficiency on a sample per sample basis in 18 extracts of soil DNA analyzed, originating from the bioherbicide field-release trials. All 18 extracts tested positive for the presence of inhibitory compounds, but with substantial variability in the magnitude of PCR efficiency (from 12% to 82%) from 1 g of soil sample to another, even when soil DNA extracts had been diluted. This variability demonstrates quantitatively the heterogeneity of soil with regards to content in PCR-inhibitory compounds. The differences in amplification efficiency were used to normalize the amounts of target C. coccodes DNA previously quantified from the same samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».