Improved RNA quality and TaqMan®Pre-amplification method (PreAmp) to enhance expression analysis from formalin fixed paraffin embedded (FFPE) materials
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Archival formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues represent an abundant source of clinical specimens; however their use is limited in applications involving analysis of gene expression due to RNA degradation and modification during fixation and processing. This study improved the quality of RNA extracted from FFPE by introducing a heating step into the selected extraction protocols. Further, it evaluated a novel pre-amplification system (PreAmp) designed to enhance expression analysis from tissue samples using assays with a range of amplicon size (62-164 bp). RESULTS: Results from the Bioanalyzer and TaqMan data showed improvement of RNA quality extracted using the modified protocols from FFPE. Incubation at 70 degrees C for 20 minutes was determined to be the best condition of those tested to disrupt cross-links while not compromising RNA integrity. TaqMan detection was influenced by master mix, amplicon size and the incorporation of a pre-amplification step. TaqMan PreAmp consistently achieved decreased CT values in both snap frozen and FFPE aliquots compared with no pre-amplification. CONCLUSION: Modification to extraction protocols has facilitated procurement of RNA that may be successfully amplified using QRT-PCR. TaqMan PreAmp system is a robust and practical solution to limited quantities of RNA from FFPE extracts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».