Three-dimensional Structure and Function of Replication Protein A
Notice bibliographique
Résumé
Replication protein A (RPA), the most abundant single-stranded DNA (ssDNA)-binding protein in eukaryotes, participates in nearly every aspect of DNA maintenance and is necessary for cell viability. RPA wasoriginally identified as an indispensable component ofDNA replication of simian virus 40 (SV40) (Wobbe et al.1987; Fairman and Stillman 1988; Wold and Kelly 1988).Later, it was also found to be involved in DNA recombination, and in the nucleotide excision, base excision, andrecombinational pathways of DNA repair (Wold 1997;Iftode et al. 1999). Although it is clear that RPA is essential in all of these processes, its exact role is not totally understood. RPA has no enzymatic activity; it binds tightlyto ssDNA in a defined orientation and establishes proteinprotein contacts with components of the DNA replication, recombination, and repair machinery. Since ssDNAis a common intermediate in DNA replication, recombination, and repair, one possible function that can be attributed to RPA is to protect ssDNA from nucleolyticdegradation or other modifications. RPA may also have amore active role of reducing the conformational entropyof ssDNA. Applying a mechanical tension on an ssDNAtemplate significantly increases the rate of DNA polymerization by decreasing the entropy of DNA and, consequently, the energetic cost of the work done by thepolymerase (Wuite et al. 2000). The applied tension onssDNA may mimic the effect of RPA binding. The ability of RPA to simultaneously bind ssDNA and mediateinteractions with multiple proteins may be necessary forthe ordered assembly of DNA replication and repaircomplexes if for no other reason than to establish the correct orientation of the first proteins in the pathway withrespect to the 5′-3′ polarity of DNA (de Laat et al. 1998;Iftode and Borowiec 2000). In fact, recent data suggestthat RPA participates not only in the initiation, but also inthe subsequent steps of the ordered assembly of replication and repair proteins by means of a competition-basedmechanism where proteins trade places for binding to acommon site on RPA (Yuzhakov et al. 1999; Kowalczykowski 2000; Mer et al. 2000b)...
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».