Genome Comparison of Human and Non-Human Malaria Parasites Reveals Species Subset-Specific Genes Potentially Linked to Human Disease
Notice bibliographique
Résumé
Genes underlying important phenotypic differences between Plasmodium species, the causative agents of malaria, are frequently found in only a subset of species and cluster at dynamically evolving subtelomeric regions of chromosomes. We hypothesized that chromosome-internal regions of Plasmodium genomes harbour additional species subset-specific genes that underlie differences in human pathogenicity, human-to-human transmissibility, and human virulence. We combined sequence similarity searches with synteny block analyses to identify species subset-specific genes in chromosome-internal regions of six published Plasmodium genomes, including Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax, Plasmodium knowlesi, Plasmodium yoelii, Plasmodium berghei, and Plasmodium chabaudi. To improve comparative analysis, we first revised incorrectly annotated gene models using homology-based gene finders and examined putative subset-specific genes within syntenic contexts. Confirmed subset-specific genes were then analyzed for their role in biological pathways and examined for molecular functions using publicly available databases. We identified 16 genes that are well conserved in the three primate parasites but not found in rodent parasites, including three key enzymes of the thiamine (vitamin B1) biosynthesis pathway. Thirteen genes were found to be present in both human parasites but absent in the monkey parasite P. knowlesi, including genes specifically upregulated in sporozoites or gametocytes that could be linked to parasite transmission success between humans. Furthermore, we propose 15 chromosome-internal P. falciparum-specific genes as new candidate genes underlying increased human virulence and detected a currently uncharacterized cluster of P. vivax-specific genes on chromosome 6 likely involved in erythrocyte invasion. In conclusion, Plasmodium species harbour many chromosome-internal differences in the form of protein-coding genes, some of which are potentially linked to human disease and thus promising leads for future laboratory research.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».