Population genetic structure and phylogeographic patterns in the Chinese endemic species<i>Sagittaria lichuanensis</i>, inferred from cpDNA<i>atp</i>B–<i>rbc</i>L intergenic spacers
Notice bibliographique
Résumé
Both historical (e.g., glaciations) and spatial (geological features) factors are considered to have had significant influences on the distribution and genetic structure of many plants. To understand the effects of such factors on the current genetic and geographical distributions of plant species in the Nanling and central regions in China, we examined genetic variation and phylogeographical patterns of Sagittaria lichuanensis J.K. Chen (Alismataceae), an endangered and endemic species in China, using chloroplast DNA atpB–rbcL intergenic spacer sequence variation. In this study, a total of 9 haplotypes from 47 individuals in 6 populations of S. lichuanensis were detected. The NST(0.193) was significantly higher than GST(0.082) (P < 0.05), indicating a significant phylogeographical structure. In the minimum spanning network (MSN) of the haplotypes, the distribution of haplotypes showed an east–west split. The results of the Mantel test analysis showed that there was no correlation between the genetic distance and geographical distance (r = 0.539, P > 0.05). The formation of barriers to dispersal might have played an important role in shaping the population genetic structure of S. lichuanensis. Within each region (east and west regions), high levels of gene flow between populations and low levels of population differentiation were found. Several conditions, such as co-ancestry due to recent common ancestry or short period of isolation, might have occurred among the populations studied. In the MSN, all tip haplotypes except for two (A and G) occurred in two or more populations, and the haplotype D in the interior node was widespread. The haplotype D is likely to be an ancestral haplotype and represents the relic, widely distributed haplotype before the populations were fragmented and isolated by mountain uplift.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».