Understanding the spectacular failure of <scp>DNA</scp> barcoding in willows (<i>Salix</i>): Does this result from a trans‐specific selective sweep?
Notice bibliographique
Résumé
Willows (Salix: Salicaceae) form a major ecological component of Holarctic floras and consequently are an obvious target for a DNA-based identification system. We surveyed two to seven plastid genome regions (~3.8 kb; ~3% of the genome) from 71 Salix species across all five subgenera, to assess their performance as DNA barcode markers. Although Salix has a relatively high level of interspecific hybridization, this may not sufficiently explain the near complete failure of barcoding that we observed: only one species had a unique barcode. We recovered 39 unique haplotypes, from more than 500 specimens, that could be partitioned into six major haplotype groups. A unique variant of group I (haplotype 1*) was shared by 53 species in three of five Salix subgenera. This unusual pattern of haplotype sharing across infrageneric taxa is suggestive of either a massive nonrandom coalescence failure (incomplete lineage sorting), or of repeated plastid capture events, possibly including a historical selective sweep of haplotype 1* across taxonomic sections. The former is unlikely as molecular dating indicates that haplotype 1* originated recently and is nested in the oldest major haplotype group in the genus. Further, we detected significant non-neutrality in the frequency spectrum of mutations in group I, but not outside group I, and demonstrated a striking absence of geographical (isolation by distance) effects in the haplotype distributions of this group. The most likely explanation for the patterns we observed involves recent repeated plastid capture events, aided by widespread hybridization and long-range seed dispersal, but primarily propelled by one or more trans-species selective sweeps.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».