Inner-Shell Excitation Spectroscopy of the Peptide Bond: Comparison of the C 1s, N 1s, and O 1s Spectra of Glycine, Glycyl-Glycine, and Glycyl-Glycyl-Glycine
Notice bibliographique
Résumé
Oscillator strengths for C 1s, N 1s, and O 1s excitation spectra of gaseous glycine and the dipeptide, glycyl−glycine, have been derived from inner-shell electron energy-loss spectroscopy recorded under scattering conditions where electric dipole transitions dominate (2.5 keV residual energy, θ ≈ 2°). X-ray absorption spectra of solid glycine, glycyl−glycine, glycyl−glycyl−glycine, and a large protein, fibrinogen, were recorded in a scanning transmission X-ray microscope. The experimental spectra are assigned through interspecies comparisons and by comparison to ab initio computed spectra of various conformations of glycine and glycyl−glycine. Inner-shell excitation spectral features characteristic of the peptide bond are readily identified by comparison of the spectra of gas-phase glycine and glycyl−glycine. They include a clear broadening and a ∼0.3 eV shift of the C 1s → π* C O peak and introduction of a new pre-edge feature in the N 1s spectrum. These effects are due to 1s → π* amide transitions introduced with formation of the peptide bond. Similar changes occur in the spectra of the solids. The computational results support the interpretation of the experimental inner-shell spectra and provide insight into electron density distributions in the core excited states. Possible conformational dependence of the inner-shell excitation spectra was explored by computing the spectra of neutral glycine in its four most common conformations, and of glycyl−glycine in planar and two twisted conformations. A strong dependence of the computed C 1s, N 1s, and O 1s spectra of glycyl−glycine on the conformation about the amide linkage was confirmed by additional ab initio calculations of the conformational dependence of the spectra of formamide.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».