A Universal Influenza A and B Duplex Real‐time RT‐PCR Assay
Notice bibliographique
Résumé
A high throughput universal influenza A and B duplex real-time RT-PCR was developed to meet effectively the heightened surveillance and diagnostic needs essential in managing influenza infections and outbreaks. Primers and probes, designed to target highly conserved regions of the matrix protein of influenza A and the nucleoprotein of influenza B, were optimized using the high-throughput LightCycler 480 II system. Analytical sensitivity and specificity were characterized using RNA transcripts diluted serially, archived non-influenza respiratory viruses, and proficiency test samples. Eighty-nine clinical samples were tested in parallel against existing influenza A and B monoplex assays. Once validated, the duplex assay was applied prospectively on 2,458 clinical specimens that were later subtyped. In April 2011, the emergence of an influenza B variant necessitated the inclusion of an additional modified probe for influenza B and revalidation of the revised protocol. The lower detection limits of the assay were 50 copies/PCR. There was no cross-reactivity against any non-influenza respiratory virus and all proficiency testing materials were identified correctly. The parallel testing revealed a 98.9% overall agreement. Routine application of the assay revealed high sensitivity and specificity for the detection of influenza A/H1N1/2009, A/H3N2 and influenza B. Assay C(q) values correlated well between the pre- and post-revision protocols for influenza A (r(2) = 0.998) and B (r(2) = 0.999). The revised protocol detected three additional novel influenza B variant cases in 200 specimens reported previously as influenza B negative. This in-house assay offers a highly sensitive and specific option for laboratories seeking to expand their influenza testing capacity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».