Marker-Based Cloning of the Region Containing the <i>UhAvr1</i> Avirulence Gene From the Basidiomycete Barley Pathogen <i>Ustilago hordei</i>
Notice bibliographique
Résumé
Race-cultivar specialization during the interaction of the basidiomycete smut pathogen Ustilago hordei with its barley host was described in the 1940s. Subsequent genetic analyses revealed the presence of dominant avirulence genes in the pathogen that conform to the gene-for-gene theory. This pathosystem therefore presents an opportunity for the molecular genetic characterization of fungal genes controlling avirulence. We performed a cross between U. hordei strains to obtain 54 progeny segregating for three dominant avirulence genes on three differential barley cultivars. Bulked segregant analysis was used to identify RAPD and AFLP markers tightly linked to the avirulence gene UhAvr1. The UhAvr1 gene is located in an area containing repetitive DNA and this region is undetectable in cosmid libraries prepared from the avirulent parental strain. PCR and hybridization probes developed from the linked markers were therefore used to identify cosmid clones from the virulent (Uhavr1) parent. By walking on Uhavr1-linked cosmid clones, a nonrepetitive, nearby probe was found that recognized five overlapping BAC clones spanning 170 kb from the UhAvr1 parent. A contig of the clones in the UhAvr1 region was constructed and selected probes were used for RFLP analysis of the segregating population. This approach genetically defined an approximately 80-kb region that carries the UhAvr1 gene and provided cloned sequences for subsequent genetic analysis. UhAvr1 represents the first avirulence gene cloned from a basidiomycete plant pathogen.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».