Where Do Phosphosites Come from and Where Do They Go after Gene Duplication?
Notice bibliographique
Résumé
Gene duplication followed by divergence is an important mechanism that leads to molecular innovation. Divergence of paralogous genes can be achieved at functional and regulatory levels. Whereas regulatory divergence at the transcriptional level is well documented, little is known about divergence of posttranslational modifications (PTMs). Protein phosphorylation, one of the most important PTMs, has recently been shown to be an important determinant of the retention of paralogous genes. Here we test whether gains and losses of phosphorylated amino acids after gene duplication may specifically modify the regulation of these duplicated proteins. We show that when phosphosites are lost in one paralog, transitions from phosphorylated serines and threonines are significantly biased toward negatively charged amino acids, which can mimic their phosphorylated status in a constitutive manner. Our analyses support the hypothesis that divergence between paralogs can be generated by a loss of the posttranslational regulatory control on a function rather than by the complete loss of the function itself. Surprisingly, these favoured transitions cannot be reached by single mutational steps, which suggests that the function of a phosphosite needs to be completely abolished before it is restored through substitution by these phosphomimetic residues. We conclude by discussing how gene duplication could facilitate the transitions between phosphorylated and phosphomimetic amino acids.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».