Identification, Characterization, and Crystal Structure ofBacillus subtilis Nicotinic Acid Mononucleotide Adenylyltransferase
Notice bibliographique
Résumé
The nadD gene, encoding the enzyme nicotinic acid mononucleotide (NaMN) adenylyltransferase (AT), is essential for the synthesis of NAD and subsequent viability of the cell. The nadD gene in Bacillus subtilis (yqeJ) was identified by sequence homology with other bacterial nadD genes and by biochemical characterization of the gene product. NaMN AT catalyzes the reversible adenylation of both NaMN and the nicotinamide mononucleotide (NMN) but shows specificity for the nicotinate. In contrast to other known NMN ATs, biophysical characterizations reveal it to be a dimer. The NaMN AT crystal structure was determined for both the apo enzyme and product-bound form, to 2.1 and 3.2 A, respectively. The structures reveal a "functional" dimer conserved in both crystal forms and a monomer fold common to members of the nucleotidyl-transferase alpha/beta phosphodiesterase superfamily. A structural comparison with family members suggests a new conserved motif (SXXXX(R/K)) at the N terminus of an alpha-helix, which is not part of the shared fold. Interactions of the nicotinic acid with backbone atoms indicate the structural basis for specificity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».