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Enregistrement W2067759117 · doi:10.1021/bi801032k

Intramolecular Electron Transfer versus Substrate Oxidation in Lactoperoxidase: Investigation of Radical Intermediates by Stopped-Flow Absorption Spectrophotometry and (9−285 GHz) Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopy

2008· article· en· W2067759117 sur OpenAlexaff
Alistair J. Fielding, Rahul Singh, Barbara Boscolo, P.C. Loewen, Elena Ghibaudi, Anabella Ivancich

Notice bibliographique

RevueBiochemistry · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineEngineering
ThématiqueElectrochemical sensors and biosensors
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésIntramolecular forceLactoperoxidaseChemistryPhotochemistrySubstrate (aquarium)Electron paramagnetic resonance spectroscopyElectron paramagnetic resonanceElectron transferSpectrophotometrySpectroscopyAbsorption (acoustics)Analytical Chemistry (journal)Stopped flowNuclear magnetic resonanceMaterials scienceKineticsChromatographyReaction rate constantPeroxidaseStereochemistryOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We have combined the information obtained from rapid-scan electronic absorption spectrophotometry and multifrequency (9−295 GHz) electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy to unequivocally determine the electronic nature of the intermediates in milk lactoperoxidase as a function of pH and to monitor their reactivity with organic substrates selected by their different accessibilities to the heme site. The aim was to address the question of the putative catalytic role of the protein-based radicals. This experimental approach allowed us to discriminate between the protein-based radical intermediates and [Fe(IV)═O] species, as well as to directly detect the oxidation products by EPR. The advantageous resolution of the g anisotropy of the Tyr • EPR spectrum at high fields showed that the tyrosine of the [Fe(IV)═O Tyr • ] intermediate has an electropositive and pH-dependent microenvironment [ g x value of 2.0077(0) at pH ≥ 8.0 and 2.0066(2) at 4.0 ≤ pH ≤ 7.5] possibly related to the radical stability and function. Two types of organic molecules (small aromatic vs bulkier substrates) allowed us to distinguish different mechanisms for substrate oxidation. [Fe(IV)═O Por •+ ] is the oxidizing species of benzohydroxamic acid, o -dianisidine, and o -anisidine via a heme-edge reaction and of mitoxantrone via a long-range electron transfer (favored at pH 8) not involving the tyrosyl radical, the formation of which competed with the substrate oxidation at pH 5. In contrast, the very efficient reaction with ABTS at pH 5 is consistent with [Fe(IV)═O Tyr • ] being the oxidizing species. Accordingly, the identification of the ABTS binding site by X-ray crystallography may be a valuable tool in rational drug design.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,194
Écart entre enseignants0,189 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations33
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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