RegA, Iron, and Growth Phase Regulate Expression of the <i>Pseudomonas aeruginosa tol-oprL</i> Gene Cluster
Notice bibliographique
Résumé
The tol-oprL region in Pseudomonas aeruginosa appears to be involved in pyocin uptake and required for cell viability. The complete nucleotide sequences of the tolQRA and oprL genes as well as the incomplete sequences of tolB and orf2 have been previously reported. In addition, the sequence of a P. aeruginosa iron-regulated gene (pig6) has been described and found to share homology with an open reading frame located upstream of the Escherichia coli tolQRA genes (U. A. Ochsner and M. L. Vasil, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:4409-4414, 1996). In this study, we cloned the remainder of the P. aeruginosa tol-oprL gene cluster and determined its nucleotide sequence. This cluster was found to consist of seven genes in the order orf1 tolQ tolR tolA tolB oprL orf2. Transcriptional analysis of this gene cluster was performed by detecting the presence of mRNAs spanning adjacent genes as well as by using a promoterless lacZ reporter gene fused to each of the seven genes contained in the tol-oprL locus. The results show that there are three major transcriptional units or operons in this region, orf1-tolQRA, tolB, and oprL-orf2, in contrast to the E. coli tol-pal region, where there are only two operons, orf1-tolQRA and tolB-pal-orf2. Analysis of gene expression indicated that the tol-oprL genes of P. aeruginosa are both iron and growth phase modulated. The first operon, orf1-tolQRA, is iron regulated throughout growth, but iron-regulated expression of tolB and oprL fusions occurs only in late log phase. The expression of the three operons was significantly less repressed by iron in fur mutants than in the wild-type strain, suggesting the involvement of Fur in the iron regulation of all three operons. RegA is a positive yet nonessential regulator of tol-oprL expression.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».