The evolutionary conservation of the core components necessary for the extrinsic apoptotic signaling pathway, in Medaka fish
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Death receptors on the cell surface and the interacting cytosolic molecules, adaptors and initiator caspases, are essential as core components of the extrinsic apoptotic signaling pathway. While the apoptotic machinery governing the extrinsic signaling pathway is well characterized in mammals, it is not fully understood in fish. RESULTS: We identified and characterized orthologs of mammalian Fas, FADD and caspase-8 that correspond to the death receptor, adaptor and initiator caspase, from the Medaka fish (Oryzias latipes). Medaka Fas, caspase-8 and FADD exhibited protein structures similar to that of their mammalian counterparts, containing a death domain (DD), a death effector domain (DED) or both. Functional analyses indicated that these molecules possess killing activity in mammalian cell lines upon overexpression or following activation by apoptotic stimuli, suggesting similar pro-apoptotic functions in the extrinsic pathway as those in mammals. Genomic sequence analysis revealed that the Medaka fas (tnfrsf6), fadd and caspase-8 (casp8) genes are organized in a similar genomic structure as the mammalian genes. Database search and phylogenetic analysis revealed that the fas gene, but not the fadd and casp8 genes, appear to be present only in vertebrates. CONCLUSION: Our results indicate that the core components necessary for the extrinsic apoptotic pathway are evolutionarily conserved in function and structure across vertebrate species. Based on these results, we presume the mechanism of apoptosis induction via death receptors was evolutionarily established during the appearance of vertebrates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».