Recombination analysis of Soybean mosaic virus sequences reveals evidence of RNA recombination between distinct pathotypes
Notice bibliographique
Résumé
RNA recombination is one of the two major factors that create RNA genome variability. Assessing its incidence in plant RNA viruses helps understand the formation of new isolates and evaluate the effectiveness of crop protection strategies. To search for recombination in Soybean mosaic virus (SMV), the causal agent of a worldwide seed-borne, aphid-transmitted viral soybean disease, we obtained all full-length genome sequences of SMV as well as partial sequences encoding the N-terminal most (P1 protease) and the C-terminal most (capsid protein; CP) viral protein. The sequences were analyzed for possible recombination events using a variety of automatic and manual recombination detection and verification approaches. Automatic scanning identified 3, 10, and 17 recombination sites in the P1, CP, and full-length sequences, respectively. Manual analyses confirmed 10 recombination sites in three full-length SMV sequences. To our knowledge, this is the first report of recombination between distinct SMV pathotypes. These data imply that different SMV pathotypes can simultaneously infect a host cell and exchange genetic materials through recombination. The high incidence of SMV recombination suggests that recombination plays an important role in SMV evolution. Obtaining additional full-length sequences will help elucidate this role.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».