Genetic variability of the cytosolic phosphoenolpyruvate carboxykinase gene in white leghorn chickens
Notice bibliographique
Résumé
Phosphoenolpyruvate carboxykinase (PEPCK) is a key regulatory enzyme of gluconeogenesis. Genetic variations in this gene may therefore affect a wide variety of traits, including tumor growth that is heavily dependent on glucose metabolism. We have previously shown the gene coding for the mitochondrial form of PEPCK (PEPCK-M) segregates for markers that are collected with resistance to Marek's disease. In this communication we analyze the genetic variability of PEPCK-C, the gene which codes for the cytosolic form of PEPCK. A 3,792-bp segment of 5'-region of the PEPCK-C gene (position -1723 to 2069) was sequenced in four individuals from eight different strains of White Leghorn chickens (a total of 64 genomes). A total of 19 single nucleotide polymorphisms (SNP) were identified. Neither deletions nor insertions were present. The most frequent SNP were transitions (79%), and in most cases the ancestral allele coincided with CpG dinucleotides (10-fold excess after correcting for dinucleotide frequencies). A gene tree was constructed assuming maximal parsimony. It led to the delineation of 6 haplotypes (combination of alleles). Two of the SNP coincided with RFLP detectable by the restriction enzymes AciI and BstEII, respectively. Based on this analysis we can now identify individuals with the evolutionary most distant PEPCK-C haplotypes, establish strains of these haplotypes, and analyze trait associations and epistasis with other genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».