Expanding the Repertoire of an ERK2 Recruitment Site: Cysteine Footprinting Identifies the D-Recruitment Site as a Mediator of Ets-1 Binding
Notice bibliographique
Résumé
Many substrates of ERK2 contain a D-site, a sequence recognized by ERK2 that is used to promote catalysis. Despite lacking a canonical D-site, the substrate Ets-1 is displaced from ERK2 by peptides containing one. This suggests that Ets-1 may contain a novel or cryptic D-site. To investigate this possibility a protein footprinting strategy was developed to elucidate ERK2-ligand interactions. Using this approach, single cysteine reporters were placed in the D-recruitment site (DRS) of ERK2 and the resulting ERK2 proteins subjected to alkylation by iodoacetamide. The ability of residues 1-138 of Ets-1 to protect the cysteines from alkylation was determined. The pattern of protection observed is consistent with Ets-1 occupying a hydrophobic binding site within the DRS of ERK2. Significantly, a peptide derived from the D-site of Elk-1, which is known to bind the DRS, exhibits a similar pattern of cysteine protection. This analysis expands the repertoire of the DRS on ERK2 and suggests that other targeting sequences remain to be identified. Furthermore, cysteine-footprinting is presented as a useful way to interrogate protein-ligand interactions at the resolution of a single amino acid.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».