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Enregistrement W2068540354 · doi:10.1080/03079450600815481

Characterization of field isolates of infectious laryngotracheitis virus from Ontario

2006· article· en· W2068540354 sur OpenAlexafffundabout
Davor Ojkić, Janet Swinton, Marie Vallieres, Emily Martin, Jan Shapiro, Babak Sanei, Brian Binnington

Notice bibliographique

RevueAvian Pathology · 2006
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueHerpesvirus Infections and Treatments
Établissements canadiensMinistry of Agriculture, Food and Rural AffairsUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesOntario Ministry of Agriculture, Food and Rural AffairsPoultry Industry Council
Mots-clésBiologyVirologyVirusOutbreakPolymerase chain reactionGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Five cases of infectious laryngotracheitis (ILT) occurred in the fall of 2004 in the Niagara Peninsula, in Southern Ontario. At about the same time two more cases occurred in Eastern Ontario and one case in South-Western Ontario. We examined, at a molecular level, 10 Ontario ILT virus field isolates from 2004 and early 2005 as well as four ILT vaccine viruses by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism analyses of ICP4 and glycoprotein E genes, and partial sequencing of UL47 and glycoprotein G genes. We determined that the five Niagara Peninsula ILT viruses were identical among themselves. They represented an independent cluster of ILT cases and were not related to other cases that occurred during 2004 and early 2005. Viruses isolated during the outbreaks in Eastern and South-Western Ontario could not be differentiated from chicken embryo origin ILT vaccine viruses. Niagara Peninsula isolates were different, at a molecular level, from all four vaccine viruses that were examined and from ILT viruses that had been previously analysed and reported in the literature. Taken together our data indicate that both “wild-type” and vaccine-derived viruses are involved in ILT cases in Ontario. Caractérisation de souches terrain du virus de la laryngotrachéite infectieuse aviaire isolées en Ontario Cinq cas de la de laryngotrachéite infectieuse aviaire (ILT) sont apparus à la fin de l'année 2004 dans la péninsule Niagara, au Sud de l'Ontario. A peu près au même moment deux autres cas sont apparus à l'Est de l'Ontario et un cas au Sud-Ouest de l'Ontario. Nous avons examiné au niveau moléculaire, dix souches de virus de l'ILT isolées en Ontario en 2004 et début 2005 ainsi que quatre souches vaccinales de ILT par PCR-RFLP des gènes de l'ICP4 et de la glycoprotéine E et par séquençage partiel des gènes de l' UL47 et de la glycoprotéine G. Nous avons montré que les cinq souches de virus de l'ILT de la péninsule Niagara étaient identiques entre elles. Elles représentent un groupe indépendant des cas de ILT et n'ont pas de relation avec les autres cas qui sont apparus durant l'année 2004 et début 2005. Les virus isolés des cas observés à l'Est et au Sud-Ouest de l'Ontario n'ont pas pu être différenciés des virus des souches vaccinales de l'ILT cultivées sur embryons de poulet. Les souches de la Péninsule Niagara sont différentes au niveau moléculaire des quatre souches vaccinales qui ont été examinées et des virus de l'ILT qui ont été analysés antérieurement et décrites dans la littérature. L'ensemble de nos données indique que les virus de "type sauvage" et ceux dérivés de vaccins sont impliqués dans les cas de l'ILT en Ontario. Charakterisierung von Feldisolaten des Virus der infektiösen Laryngotracheitis aus Ontario Im Herbst 2004 traten auf der Niagarahalbinsel in Südontario fünf Fälle von infektiöser Laryngotracheitis (ILT) auf. Ungefähr zur gleichen Zeit kam es zu zwei weiteren Krankheitsausbrüchen in Ostontario und einem weiteren Fall im Südwesten von Ontario. Wir untersuchten auf molekularer Ebene zehn ILT-Feldvirusisolate aus Ontario aus dem Jahr 2004 und Anfang des Jahres 2005 sowie vier ILT-Impfvirusstämme mittels PCR-RFLP-Analysen des ICP4- und des Glykoprotein-E-Gens und teilweiser Sequenzierung des UL47- und des Glykoprotein-G-Gens. Dabei stellten wir fest, dass die fünf ILT-Viren von der Niagarahalbinsel untereinander identisch waren. Sie repräsentierten einen eigenen Kluster von ILT-Fällen und standen in keiner Beziehung zu anderen Fällen aus 2004 und Anfang 2005. Die Virusisolate aus den Ausbrüchen in Ost- und Südwestontario konnten nicht von den ILT-Impfviren aus Hühnerembryonen differenziert werden. Auf der molekularen Ebene unterschieden sich die Isolate von der Niagarahalbinsel von allen vier untersuchten Impfviren und von den ILT-Viren, die bislang analysiert und in der Literatur beschrieben worden sind. Zusammengefasst zeigen unsere Ergebnisse, dass die ILT-Fälle in Ontario sowohl von Wildtyp- als auch von aus Impfviren entstandenen Virusstämmen verursacht werden. Caracterización de aislamientos de campo del virus de laringotraqueítis infecciosa de Ontario En el otoño de 2004 cinco casos de laringotraqueítis infecciosa (ILT) ocurrieron en la Península de Niágara, en el sur de Ontario. Al mismo tiempo, otros dos casos tenían lugar en el Este de Ontario y un caso en el Suroeste de Ontario. Examinamos a nivel molecular, mediante PCR-RFLP de los genes ICP4 y de la glicoproteína E y secuenciación parcial de los genes UL47 y el de la glicoproteína E, diez aislamientos de campo de virus ILT de 2004 y principios de 2005, así como cuatro virus vacunales de ILT. Determinamos que los cinco virus ILT de la Península de Niágara eran idénticos entre ellos. Formaban un grupo independiente de casos de ILT y no estaban relacionados con otros casos que ocurrieron durante 2004 y principios de 2005. Los virus aislados durante los brotes en el Este y Suroeste de Ontario no se pudieron diferenciar de los virus vacunales de ILT producidos en embrión de pollo. Los aislamientos de la Península de Niágara eran diferentes, a nivel molecular, de los cuatro virus vacunales que se estudiaron y de los virus ILT que habían sido analizados previamente y descritos en la literatura. En conjunto, nuestros resultados indican que virus salvajes y virus derivados de vacunas están involucrados en los casos de ILT de Ontario.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,780
Score d'incertitude au seuil0,442

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,230
Écart entre enseignants0,223 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations53
Publié2006
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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