Identification of predictive biomarkers of disease state in transition dairy cows
Notice bibliographique
Résumé
In dairy cows, periparturient disease states, such as metritis, mastitis, and laminitis, are leading to increasingly significant economic losses for the dairy industry. Treatments for these pathologies are often expensive, ineffective, or not cost-efficient, leading to production losses, high veterinary bills, or early culling of the cows. Early diagnosis or detection of these conditions before they manifest themselves could lower their incidence, level of morbidity, and the associated economic losses. In an effort to identify predictive biomarkers for postpartum or periparturient disease states in dairy cows, we undertook a cross-sectional and longitudinal metabolomics study to look at plasma metabolite levels of dairy cows during the transition period, before and after becoming ill with postpartum diseases. Specifically we employed a targeted quantitative metabolomics approach that uses direct flow injection mass spectrometry to track the metabolite changes in 120 different plasma metabolites. Blood plasma samples were collected from 12 dairy cows at 4 time points during the transition period (-4 and -1 wk before and 1 and 4 wk after parturition). Out of the 12 cows studied, 6 developed multiple periparturient disorders in the postcalving period, whereas the other 6 remained healthy during the entire experimental period. Multivariate data analysis (principal component analysis and partial least squares discriminant analysis) revealed a clear separation between healthy controls and diseased cows at all 4 time points. This analysis allowed us to identify several metabolites most responsible for separating the 2 groups, especially before parturition and the start of any postpartum disease. Three metabolites, carnitine, propionyl carnitine, and lysophosphatidylcholine acyl C14:0, were significantly elevated in diseased cows as compared with healthy controls as early as 4 wk before parturition, whereas 2 metabolites, phosphatidylcholine acyl-alkyl C42:4 and phosphatidylcholine diacyl C42:6, could be used to discriminate healthy controls from diseased cows 1 wk before parturition. A 3-metabolite plasma biomarker profile was developed that could predict which cows would develop periparturient diseases, up to 4 wk before clinical symptoms appearing, with a sensitivity of 87% and a specificity of 85%. This is the first report showing that periparturient diseases can be predicted in dairy cattle before their development using a multimetabolite biomarker model. Further research is warranted to validate these potential predictive biomarkers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».