Co-occurrence Clusters of Aligned Pattern Clusters
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Advances in bioinformatics have provided researchers with a large influx of novel sequences, thus making the analysis of the sequences for inherent biological knowledge crucial. Important protein segments can be represented by variable patterns, obtained as set of Aligned Pattern Clusters (APC) by using pattern discovery and pattern synthesis on protein family sequences. We develop a method for clustering APCs based on their co-occurrences on the same protein sequence. Their co-occurrence indicates how protein segments in a protein family interact with one another. The purpose of this paper is to provide a method that, given a list of discovered APCs from a family of a protein sequences, finds a set of interdependent APC clusters with high cooccurrence in sequences of a protein family. The significance of these co-occurrence clusters are verified by their corresponding three-dimensional structure and function of the protein. We applied our method to eight protein families obtained from pFam, including triosephosphate isomerase and ubiquitin. We found that the closely co-occurring clusters of APCs in each protein family are close in the three-dimensional protein structures, inferring interactions of the APC segments. In conclusion, we discover that there is a connection between high co-occurrence between APCs and three-dimensional closeness.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle