Abstract 2885: The NCI-Nature Pathway Interaction Database: A comprehensive resource for cell signaling information
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The NCI-Nature Pathway Interaction Database (PID, http://pid.nci.nih.gov) is a freely available collection of professionally curated and expert-reviewed signaling and regulatory pathways composed of human molecular interactions and cellular processes extracted from the primary literature. As of November 2010, the database contains 116 pathways and networks encompassing 7810 interactions, 3531 proteins, 137 small molecules, 3101 complexes, 5930 peer-reviewed publications and more than 10500 uses of evidence codes, and includes recent additions to the Notch and Wnt pathways along with the AP1 network. Created in a collaboration between the U.S. National Cancer Institute and Nature Publishing Group, the PID offers a range of tools to facilitate pathway exploration. Users can browse pathways and create network maps based on molecule or biological process queries; interactive network maps are displayed in JPG, SVG and Silverlight formats. The Batch query tool allows users to overlay molecule lists, such as those derived from microarray data, onto pathways. Users can also download a list of references used to create the pathway, pathway molecule lists, and complete database content in extensible markup language (XML) or Biological Pathways Exchange (BioPAX) Level 2 or Level 3 formats. The database is updated every month and supplemented by a concise editorial section that provides synopses of recent noteworthy papers in cell signaling and specially commissioned articles on the practical uses of other relevant Biomedical Informatics tools. Users can sign up for email alerts or RSS feeds to receive database content updates. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 102nd Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2011 Apr 2-6; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2011;71(8 Suppl):Abstract nr 2885. doi:10.1158/1538-7445.AM2011-2885
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,012 | 0,017 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,138 | 0,104 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».