Mining Mammalian Transcript Data for Functional Long Non-Coding RNAs
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The role of long non-coding RNAs (lncRNAs) in controlling gene expression has garnered increased interest in recent years. Sequencing projects, such as Fantom3 for mouse and H-InvDB for human, have generated abundant data on transcribed components of mammalian cells, the majority of which appear not to be protein-coding. However, much of the non-protein-coding transcriptome could merely be a consequence of 'transcription noise'. It is therefore essential to use bioinformatic approaches to identify the likely functional candidates in a high throughput manner. PRINCIPAL FINDINGS: We derived a scheme for classifying and annotating likely functional lncRNAs in mammals. Using the available experimental full-length cDNA data sets for human and mouse, we identified 78 lncRNAs that are either syntenically conserved between human and mouse, or that originate from the same protein-coding genes. Of these, 11 have significant sequence homology. We found that these lncRNAs exhibit: (i) patterns of codon substitution typical of non-coding transcripts; (ii) preservation of sequences in distant mammals such as dog and cow, (iii) significant sequence conservation relative to their corresponding flanking regions (in 50% cases, flanking regions do not have homology at all; and in the remaining, the degree of conservation is significantly less); (iv) existence mostly as single-exon forms (8/11); and, (v) presence of conserved and stable secondary structure motifs within them. We further identified orthologous protein-coding genes that are contributing to the pool of lncRNAs; of which, genes implicated in carcinogenesis are significantly over-represented. CONCLUSION: Our comparative mammalian genomics approach coupled with evolutionary analysis identified a small population of conserved long non-protein-coding RNAs (lncRNAs) that are potentially functional across Mammalia. Additionally, our analysis indicates that amongst the orthologous protein-coding genes that produce lncRNAs, those implicated in cancer pathogenesis are significantly over-represented, suggesting that these lncRNAs could play an important role in cancer pathomechanisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».