Site-Directed Mutagenesis of UDP-Galactopyranose Mutase Reveals a Critical Role for the Active-Site, Conserved Arginine Residues
Notice bibliographique
Résumé
The flavoenzyme UDP-galactopyranose mutase (UGM) is a mediator of cell wall biosynthesis in many pathogenic microorganisms. UGM catalyzes a unique ring contraction reaction that results in the conversion of UDP-galactopyranose (UDP-Galp) to UDP-galactofuranose (UDP-Galf). UDP-Galf is an essential precursor to the galactofuranose residues found in many different cell wall glycoconjugates. Due to the important consequences of UGM catalysis, structural and biochemical studies are needed to elucidate the mechanism and identify the key residues involved. Here, we report the results of site-directed mutagenesis studies on the absolutely conserved residues in the putative active site cleft. By generating variants of the UGM from Klebsiella pneumoniae, we have identified two arginine residues that play critical catalytic roles (alanine substitution abolishes detectable activity). These residues also have a profound effect on the binding of a fluorescent UDP derivative that inhibits UGM, suggesting that the Arg variants are defective in their ability to bind substrate. One of the residues, Arg280, is located in the putative active site, but, surprisingly, the structural studies conducted to date suggest that Arg174 is not. Molecular dynamics simulations indicate that closed UGM conformations can be accessed in which this residue contacts the pyrophosphoryl group of the UDP-Gal substrates. These results provide strong evidence that the mobile loop, noted in all the reported crystal structures, must move in order for UGM to bind its UDP-galactose substrate.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».