Abstract B181: TP53 mutation screening in patients with recurrent platinum-sensitive ovarian cancer.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: TP53 is commonly mutated in ovarian cancer. As potential agents targeting TP53 mutant or wt are under development, the efficiency and accuracy for determination of TP53 mutations in a clinical trial was evaluated. Methods: Eligible patients, including relapsed, platinum-sensitive ovarian, fallopian tube, or primary peritoneal cancer, underwent pre-screening for a clinical trial with MK1775, eligibility for which was determined by the presence of functional TP53 mutations (Brana I et al, ASCO 2013). Single base substitution and single base deletion mutations in exons 2 - 11 and the flanking splice junction in the TP53 gene were analyzed using AmpliChip p53 Assay (Roche Molecular Diagnostics, California) on archival tumor specimens. Results: Seventy-five women were screened for eligibility based on TP53; 43 had TP53 mutations, 27 were TP53 wild-type (wt), and 5 undetermined (Table 1). No clustering of mutations to define hot spots was evident. The most commonly mutated region was exon 5 (11 mutations). Missense mutations were the most common mutation type (69.7%); although, nonsense (14 %), splice (14 %), and frame shift mutations (2.3%) were also observed (Table 1). Most of the missense mutations were in exons 5 to 8 (90%). The mean turnaround time from sample reception to final TP53 status report was 3 days (range 1:14). Conclusions: The TP53 mutational status has been successfully determined in 93.3% of patients with a short turnaround time, supporting the feasibility of TP53 determination in the clinical setting. In our patient population, 57.3% had a TP53 mutation. Potential geographic differences in the incidence TP53 mutations cannot be evaluated due to the limited sample size; this hypothesis should be further evaluated in a larger patient population Citation Information: Mol Cancer Ther 2013;12(11 Suppl):B181. Citation Format: Irene Brana, Kathleen Moore, Stephen Welch, Ronnie Shapira-Frommer, Darlene Gibbon, Hal Hirte, Saul Rivkin, Robert Coleman, Gerry Prendergast, Katherine M. Moxley, Ying-Ming Jou, Michelle Marinucci, Tomoko Freshwater, Sharon McCarthy, Mark Lee Anthony, Shelonitda Rose, Amit M. Oza. TP53 mutation screening in patients with recurrent platinum-sensitive ovarian cancer. [abstract]. In: Proceedings of the AACR-NCI-EORTC International Conference: Molecular Targets and Cancer Therapeutics; 2013 Oct 19-23; Boston, MA. Philadelphia (PA): AACR; Mol Cancer Ther 2013;12(11 Suppl):Abstract nr B181.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».