Discovery of Novel Hypermethylated Genes in Prostate Cancer Using Genomic CpG Island Microarrays
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Promoter and 5' end methylation regulation of tumour suppressor genes is a common feature of many cancers. Such occurrences often lead to the silencing of these key genes and thus they may contribute to the development of cancer, including prostate cancer. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: In order to identify methylation changes in prostate cancer, we performed a genome-wide analysis of DNA methylation using Agilent human CpG island arrays. Using computational and gene-specific validation approaches we have identified a large number of potential epigenetic biomarkers of prostate cancer. Further validation of candidate genes on a separate cohort of low and high grade prostate cancers by quantitative MethyLight analysis has allowed us to confirm DNA hypermethylation of HOXD3 and BMP7, two genes that may play a role in the development of high grade tumours. We also show that promoter hypermethylation is responsible for downregulated expression of these genes in the DU-145 PCa cell line. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: This study identifies novel epigenetic biomarkers of prostate cancer and prostate cancer progression, and provides a global assessment of DNA methylation in prostate cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».