Optimized production of the Diels-Alderase antibody 1E9 as a chimeric Fab
Notice bibliographique
Résumé
Monoclonal antibody 1E9, which catalyzes the [4+2] cycloaddition between tetrachlorothiophene dioxide and N-ethylmaleimide, has been re-engineered for production as a chimeric humanmurine Fab fragment in Escherichia coli. Stabilizing point mutations in the variable regions of the antibody were identified by replacing residues that rarely occur at individual positions in aligned immunoglobulin sequences with their consensus counterparts. By combining favorable substitutions, double (MetH87ThrGlyL63Ser) and triple (MetH87ThrGlyL63SerPheL95Pro) mutants were created, which can be produced in good yield (4 and 17 mg L1 cell culture, respectively). The triple mutant exhibits a modest fourfold drop in the apparent kcat value for the cycloaddition reaction, but the kinetic properties of the double mutant are indistinguishable from those of the parent murine IgG. The availability of recombinant versions of this catalytic antibody will facilitate efforts to determine the origins of its selectivity and catalytic efficiency through mutagenesis.Key words: catalytic antibody, Fab fragment, bacterial production.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».