An upstream insulator regulates DLK1 imprinting in AML
Notice bibliographique
Résumé
DLK1 is an imprinted gene on chromosome 14. Using informative coding single nucleotide polymorphisms, we found DLK1 expression to be monoallelic in normal bone marrow, whereas it was biallelic in 76% of acute myeloid leukemia (AML) overexpressing DLK1 (61% of all AML). Quantitative methylation analysis of 7 cytosine-phosphate-guanosine-rich areas (3 upstream of or within DLK1, the putative intergenic-differentially methylated region and 3 upstream of or within MEG3) revealed a strong association between biallelic DLK1 expression and hypermethylation of a cytosine-phosphate-guanosine-rich region 18 kb upstream of DLK1. Allele-specific methylation analysis of this region revealed the alleles to be differentially methylated in normal bone marrow and monoallelic DLK1 AML, whereas there was increased methylation of both alleles in AML with biallelic expression. Moreover, chromatin immunoprecipitation analysis revealed that CCTC-binding factor binds to this region in monoallelic but not biallelic expression samples. Taken together, our data indicate that an insulator located 18 kb upstream of DLK1 plays an important role in regulating DLK1 imprinting.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».