Components of the SAGA Histone Acetyltransferase Complex Are Required for Repressed Transcription of ARG1 in Rich Medium
Notice bibliographique
Résumé
Transcriptional regulation of the Saccharomyces cerevisiae ARG1 gene is controlled by positive and negative elements. The transactivator Gcn4p is required for activation in minimal medium, while arginine repression requires the ArgR/Mcm1 regulatory complex, which binds to two upstream arginine control elements. We have found that the coordinated regulation of ARG1 requires components of the SAGA chromatin-remodeling complex. Using gcn5 deletion strains and a Gcn5 protein carrying the E173Q mutation in the histone acetyltransferase (HAT) region, we show that the HAT activity of Gcn5p is required for repression of ARG1 in rich medium. Similar increases in expression were seen upon deletion of other SAGA components but not upon deletion of the ADA-specific component, Ahc1p. Chromatin immunoprecipitations using antibodies to acetylated H3 confirmed that a decrease in the level of acetylated histones at the ARG1 promoter correlated with increased ARG1 expression. Up-regulation of ARG1 in the absence of Gcn5p also correlated with increased binding of TATA-binding protein to the promoter. The analysis of promoter deletions showed that Gcn5/Ada repression of ARG1 was mediated through the action of the ArgR/Mcm1 regulatory complex. In addition, studies with minimal medium demonstrated a requirement for the Ada proteins in activation of ARG1. This suggests that SAGA has a dual role at ARG1, acting to repress transcription in rich medium and activate transcription in minimal medium.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».