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Correction: A Novel High-Throughput Assay for Islet Respiration Reveals Uncoupling of Rodent and Human Islets

2013· article· en· W2071014381 sur OpenAlexaff
Jakob D. Wikström, Samuel B. Sereda, Linsey Stiles, Álvaro A. Elorza, Emma M. Allister, Andy Neilson, David A. Ferrick, Michael B. Wheeler, Orian S. Shirihai

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésIsletRodentBiologyRespirationComputational biologyEndocrinologyEcologyDiabetes mellitusAnatomy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background:The pancreatic beta cell is unique in its response to nutrient by increased fuel oxidation.Recent studies have demonstrated that oxygen consumption rate (OCR) may be a valuable predictor of islet quality and long term nutrient responsiveness.To date, high-throughput and user-friendly assays for islet respiration are lacking.The aim of this study was to develop such an assay and to examine bioenergetic efficiency of rodent and human islets.Methodology/Principal Findings: The XF24 respirometer platform was adapted to islets by the development of a 24-well plate specifically designed to confine islets.The islet plate generated data with low inter-well variability and enabled stable measurement of oxygen consumption for hours.The F1F0 ATP synthase blocker oligomycin was used to assess uncoupling while rotenone together with myxothiazol/antimycin was used to measure the level of non-mitochondrial respiration.The use of oligomycin in islets was validated by reversing its effect in the presence of the uncoupler FCCP.Respiratory leak averaged to 59% and 49% of basal OCR in islets from C57Bl6/J and FVB/N mice, respectively.In comparison, respiratory leak of INS-1 cells and C2C12 myotubes was measured to 38% and 23% respectively.Islets from a cohort of human donors showed a respiratory leak of 38%, significantly lower than mouse islets. Conclusions/Significance:The assay for islet respiration presented here provides a novel tool that can be used to study islet mitochondrial function in a relatively high-throughput manner.The data obtained in this study shows that rodent islets are less bioenergetically efficient than human islets as well as INS1 cells.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,034
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,059
Score d'incertitude au seuil0,198

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,034
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0030,005
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0590,026

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,035
Tête enseignante GPT0,253
Écart entre enseignants0,218 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2013
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