High‐resolution array CGH identifies novel regions of genomic alteration in intermediate‐risk prostate cancer
Notice bibliographique
Résumé
Approximately one-third of prostate cancer patients present with intermediate risk disease. Interestingly, while this risk group is clinically well defined, it demonstrates the most significant heterogeneity in PSA-based biochemical outcome. Further, the majority of candidate genes associated with prostate cancer progression have been identified using cell lines, xenograft models, and high-risk androgen-independent or metastatic patient samples. We used a global high-resolution array comparative genomic hybridization (CGH) assay to characterize copy number alterations (CNAs) in intermediate risk prostate cancer. Herein, we show this risk group contains a number of alterations previously associated with high-risk disease: (1) deletions at 21q22.2 (TMPRSS2:ERG), 16q22-24 (containing CDH1), 13q14.2 (RB1), 10q23.31 (PTEN), 8p21 (NKX3.1); and, (2) amplification at 8q21.3-24.3 (containing c-MYC). In addition, we identified six novel microdeletions at high frequency: 1q42.12-q42.3 (33.3%), 5q12.3-13.3 (21%), 20q13.32-13.33 (29.2%), 22q11.21 (25%), 22q12.1 (29.2%), and 22q13.31 (33.3%). Further, we show there is little concordance between CNAs from these clinical samples and those found in commonly used prostate cancer cell models. These unexpected findings suggest that the intermediate-risk category is a crucial cohort warranting further study to determine if a unique molecular fingerprint can predict aggressive versus indolent phenotypes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».