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Enregistrement W2071546816 · doi:10.1021/bi0507478

Mass Spectrometric Analysis of Nitroxyl-Mediated Protein Modification:  Comparison of Products Formed with Free and Protein-Based Cysteines

2005· article· en· W2071546816 sur OpenAlexaff
Biao Shen

Notice bibliographique

RevueBiochemistry · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNitric Oxide and Endothelin Effects
Établissements canadiensConcordia University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChemistryThiolNitroxylBovine serum albuminGlyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenaseCysteineMass spectrometryElectrospray ionizationGlyceraldehydeChromatographyAdductReagentDehydrogenaseNuclear chemistryOrganic chemistryEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Although biologically active, nitroxyl (HNO) remains one of the most poorly studied NO(x). Protein-based thiols are suspected targets of HNO, forming either a disulfide or sulfinamide (RSONH2) through an N-hydroxysulfenamide (RSNHOH) addition product. Electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS) is used here to examine the products formed during incubation of thiol proteins with the HNO donor, Angeli's salt (AS; Na2N2O3). Only the disulfide, cystine, was formed in incubates of 15 mM free Cys with equimolar AS at pH 7.0-7.4. In contrast, the thiol proteins (120-180 microM), human calbindin D(28k) (HCalB), glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), and bovine serum albumin (BSA) gave four distinct types of derivatives in incubates containing 0.9-2.5 mM AS. Ions at M + n x 31 units were detected in the ESI mass spectra of intact HCalB (n = 1-5) and GAPDH (n = 2), indicating conversion of thiol groups on these proteins to RSONH2 (+31 units). An ion at M + 14 dominated the mass spectrum of BSA, and intramolecular sulfinamide cross-linking of Cys34 to one of its neighboring Lys or Arg residues would account for this mass increase. Low abundant M + 14 adducts were observed for HCalB, which additionally formed mixed disulfides when free Cys was present in the AS incubates. Cys149 and Cys153 formed an intramolecular disulfide in the AS/GAPDH incubates. Since AS also produces nitrite above pH 5 (HN2O3(-) --> HNO + NO2(-)), incubation with NaNO2 served to confirm that protein modification was HNO-mediated, and prior blocking with the thiol-specific reagent, N-ethylmaleimide, demonstrated that thiols are the targets of HNO. The results provide the first systematic characterization of HNO-mediated derivatization of protein thiols.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil0,567

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,264
Écart entre enseignants0,249 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations65
Publié2005
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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