The importance of adding EDTA for the nanopore analysis of proteins
Notice bibliographique
Résumé
Nanopore analysis is a promising technique for studying the conformation of proteins and protein/protein interactions. Two proteins (bacterial thioredoxin and maltose binding protein) were subjected to nanopore analysis with α-hemolysin. Two types of events were observed; bumping events with a blockade current less than -40 pA and intercalation events with blockade currents between -40 pA and -100 pA. In potassium phosphate buffer, pH 7.8, both proteins gave intercalation events but the frequency of these events was significantly reduced in TRIS or HEPES buffers especially in the presence of 0.01 mM divalent metal ions. The frequency of events was restored by the addition of EDTA. For maltose binding protein, the frequency of intercalation events was also decreased in the presence of maltose but not lactose to which it does not bind. It is proposed that the events with large blockade currents represent transient intercalation of a loop or end of the protein into the pore and that divalent metal ions inhibit this process. The results demonstrate that the choice of buffer and the effects of metal ion contamination are important considerations in nanopore analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».