Polarizable empirical force field for nitrogen‐containing heteroaromatic compounds based on the classical Drude oscillator
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
The polarizable empirical CHARMM force field based on the classical Drude oscillator has been extended to the nitrogen-containing heteroaromatic compounds pyridine, pyrimidine, pyrrole, imidazole, indole, and purine. Initial parameters for the six-membered rings were based on benzene with nonbond parameter optimization focused on the nitrogen atoms and adjacent carbons and attached hydrogens. In the case of five-member rings, parameters were first developed for imidazole and transferred to pyrrole. Optimization of all parameters was performed against an extensive set of quantum mechanical and experimental data. Ab initio data were used for the determination of initial electrostatic parameters, the vibrational analysis, and in the optimization of the relative magnitudes of the Lennard-Jones (LJ) parameters, through computations of the interactions of dimers of model compounds, model compound-water interactions, and interactions of rare gases with model compounds. The absolute values of the LJ parameters were determined targeting experimental heats of vaporization, molecular volumes, heats of sublimation, crystal lattice parameters, and free energies of hydration. Final scaling of the polarizabilities from the gas-phase values by 0.85 was determined by reproduction of the dielectric constants of pyridine and pyrrole. The developed parameter set was extensively validated against additional experimental data such as diffusion constants, heat capacities, and isothermal compressibilities, including data as a function of temperature.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle