Computer simulation study of folding thermodynamics and kinetics of proteins in osmolytes and denaturants
Notice bibliographique
Résumé
In living cells, the presence of macromolecular crowders, such as osmolytes or denaturants, strongly affects the stability of folded proteins. The overall effects depend on the size, concentration, and chemical properties of the crowding agents. This work uses an all-atom Gō model of the Trp-cage in spherical solvents to probe the physical origin of protein stabilization/destabilization by osmolytes/denturants. The solvent quality is controlled by the solvent-protein contact εPS that can represent repulsive osmolytes (εPS > 0) or attractive denaturants (εPS < 0). The model is used to show that protein stabilization by osmolytes proceeds by an excluded volume, entropy-driven mechanism. Protein destabilization by denaturant is shown to be driven by changes in enthalpy. It is found that small osmolytes are the most effective stabilizer of proteins. Folding simulations of the Trp-cage in osmolytes observe a two-fold increase in folding rates, for small osmolytes. This is due to an osmolyte-induced shift to more compact unfolded protein conformations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».