Production and Characterization of Fully Selenomethionine-Labeled Saccharomyces cerevisiae
Notice bibliographique
Résumé
This paper reports, for the first time, a quantitative replacement of methionine (Met) by selenomethionine (SeMet) at >98% substitution, with up to 4940 microg of SeMet/g of yeast obtained for the entire protein pool of a wild-type yeast grown on a SeMet-containing medium. The incorporation of selenium in yeast proteins, in the form of selenomethionine, and the influence of various organic and inorganic Se and S sources present in the media were monitored during the growth of a wild-type Saccharomyces cerevisiae , which allowed the optimization of the composition of a fully defined synthetic growth medium that ensured maximum SeMet incorporation. Quantitation of SeMet and Met was performed by species-specific isotope dilution GC-MS. The use of ascorbic acid and a minimum concentration of cysteine (5 microg/L) was found to be beneficial to achieve incorporation by limiting the oxidative stress due to the presence of selenium. Except for small amounts of cysteine, no other sources of sulfur were necessary to achieve yeast growth. In a medium containing Se(VI), the maximum replacement of Met with SeMet was 50%, which is considerably higher than that obtained with the current commercial Se yeast formulations. For yeast grown in a Met-free defined medium, which was supplemented with SeMet, nearly total replacement of Met with SeMet could be achieved. The fully Se-labeled yeast could be an important tool for the study of eukaryotic protein structures both by mass spectrometry and by X-ray crystallography through selenomethionine single- and multiple-wavelength anomalous dispersion (SAD and MAD) phasing. In addition, a particular yeast strain, BY4741, that cannot synthesize Met using inorganic sulfur (met15Delta0) was shown to produce SeMet in the presence of inorganic selenium. This might indicate that the incorporation of inorganic selenium salts [Se(VI) and Se(IV)] is obviously not occurring exclusively through the same biological pathways as for sulfur. The reduction of inorganic Se to hydrogen selenide (H(2)Se), its reactions with organic compounds present in the yeast or in the media, and the possible metabolization through unspecific enzymatic pathways (such as transsulfuration) could also be of considerable importance in the production of selenoamino acids during yeast growth.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».