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Enregistrement W2072374471 · doi:10.1186/1756-0500-6-127

Germ-line DICER1 mutations do not make a major contribution to the etiology of familial testicular germ cell tumours

2013· article· en· W2072374471 sur OpenAlexafffund
Nelly Sabbaghian, Amin Bahubeshi, Andrew Y. Shuen, Peter A. Kanetsky, Marc Tischkowitz, Katherine L. Nathanson, William D. Foulkes

Notice bibliographique

RevueBMC Research Notes · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCongenital Diaphragmatic Hernia Studies
Établissements canadiensMcGill University Health CentreMcGill UniversityUniversity of TorontoJewish General Hospital
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteCanadian Institutes of Health ResearchMcGill University
Mots-clésSanger sequencingExonBiologyGermlineSomatic cellSeminomaGerm cellGeneticsGermline mutationMutationProbandRNase PTesticular Germ Cell TumorCancer researchCancerGeneTesticular cancerRNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: The RNase III enzyme DICER1 plays a central role in maturation of microRNAs. Identification of neoplasia-associated germ-line and somatic mutations in DICER1 indicates that mis-expression of miRNAs in cancer may result from defects in their processing. As part of a recent study of DICER1 RNase III domains in 96 testicular germ cell tumors, a single RNase IIIb domain mutation was identified in a seminoma. To further explore the importance of DICER1 mutations in the etiology of testicular germ cell tumors (TGCT), we studied germ-line DNA samples from 43 probands diagnosed with familial TGCT. FINDINGS: We carried out High Resolution Melting Curve Analysis of DICER1 exons 2-12, 14-19, 21 and 24-27. All questionable melt curves were subjected to confirmatory Sanger sequencing.Sanger sequencing was used for exons 13, 20, 22 and 23. Intron-exon boundaries were included in all analyses. We identified 12 previously reported single nucleotide polymorphisms and two novel single nucleotide variants. No likely deleterious variants were identified; notably no mutations that were predicted to truncate the protein were identified. CONCLUSIONS: Taken together with previous studies, the findings reported here suggest a very limited role for either germ-line or somatic DICER1 mutations in the etiology of TGCT.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,022
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,582
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,022
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,087
Tête enseignante GPT0,388
Écart entre enseignants0,301 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2013
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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