Genetic variants of MARCO are associated with susceptibility to pulmonary tuberculosis in a Gambian population
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The two major class A scavenger receptors are scavenger receptor A (SRA), which is constitutively expressed on most macrophage populations, and macrophage receptor with collagenous structure (MARCO), which is constitutively expressed on a more restricted subset of macrophages, (e.g. alveolar macrophages) but whose expression increases on most macrophages during the course of infection. Although the primary role of SRA appears to be clearance of modified host proteins and lipids, mice defective in expression of either MARCO or SRA are immunocompromised in multiple models of infection and in vitro assays, the scavenger receptors have been demonstrated to bind bacteria and to enhance pro-inflammatory signalling to many bacterial lung pathogens; however their importance in Mycobacterium tuberculosis infection, is less clear. METHODS: To determine whether polymorphisms in either SRA or MARCO were associated with tuberculosis, a case-control study of was performed. DNA samples from newly-detected, smear-positive, pulmonary tuberculosis cases were collected from The Gambia. Controls for this study consisted of DNA from cord bloods obtained from routine births at local Gambian health clinics. Informed written consent was obtained from patients or their parents or guardians. Ethical approval was provided by the joint The Gambian Government/MRC Joint Ethics Committee. RESULTS: We studied the frequencies of 25 polymorphisms of MSR1 (SRA) and 22 in MARCO in individuals with tuberculosis (n=1284) and matched controls (n=1349). No SNPs within the gene encoding or within 1 kb of the promoter sequence of MSR1 were associated with either susceptibility or resistance to tuberculosis. Three SNPs in MARCO (rs4491733, Mantel-Haenszel 2x2 χ2 = 6.5, p = 0.001, rs12998782, Mantel-Haenszel 2x2 χ2 = 6.59, p = 0.001, rs13389814 Mantel-Haenszel 2x2 χ2 = 6.9, p = 0.0009) were associated with susceptibility to tuberculosis and one (rs7559955, Mantel-Haenszel 2x2 χ2 = 6.9, p = 0.0009) was associated with resistance to tuberculosis. CONCLUSIONS: These findings identify MARCO as a potentially important receptor in the host response to tuberculosis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».