Probing Side-Chain Dynamics in the Proteasome by Relaxation Violated Coherence Transfer NMR Spectroscopy
Notice bibliographique
Résumé
A pair of experiments is presented for measuring intra-methyl 1H-1H dipolar cross-correlated spin relaxation rates in highly deuterated, methyl protonated proteins with significantly improved sensitivity relative to previously developed experiments that measure dynamics via 1H spin relaxation. In applications to proteins with correlation times in the macromolecular limit, these cross-correlation rates are related directly to order parameters, characterizing the amplitude of motion of methyl-containing side-chains. The experimental approach is validated by comparing extracted order parameters with those obtained via 2H and 13C spin relaxation methods for both protein L (7.5 kDa) and malate synthase G (82 kDa), with excellent correlations obtained. The methodology is applied to study Ile, Leu, and Val side-chain dynamics in a 360 kDa "half-proteasome" complex. In particular, order parameters obtained from the WT complex and from a second complex where the proteasome gating residues are deleted establish that the relative levels of dynamics in each of the two molecules are very similar. It thus becomes clear that there is no communication between gating residues and other regions of the molecule involving pico- to nanosecond time-scale dynamics of these methyl-containing side-chains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».