Pulsed ENDOR Determination of the Arginine Location in the Ferrous–NO Form of Neuronal NOS
Notice bibliographique
Résumé
Mammalian nitric oxide synthases (NOSs) are enzymes responsible for oxidation of L-arginine (L-Arg) to nitric oxide (NO). Mechanisms of reactions at the catalytic heme site are not well understood, and it is of current interest to study structures of the heme species that activates O(2) and transforms the substrate. The NOS ferrous-NO complex is a close mimic of the obligatory ferric (hydro)peroxo intermediate in NOS catalysis. In this work, pulsed electron-nuclear double resonance (ENDOR) was used to probe the position of the l-Arg substrate at the NO(•)-coordinated ferrous heme center(s) in the oxygenase domain of rat neuronal NOS (nNOS). The analysis of (2)H and (15)N ENDOR spectra of samples containing d(7)- or guanidino-(15)N(2) labeled L-Arg has resulted in distance estimates for the nearby guanidino nitrogen and the nearby proton (deuteron) at C(δ). The L-Arg position was found to be noticeably different from that in the X-ray crystal structure of nNOS ferrous-NO complex [Li et al. J. Biol. Inorg. Chem.2006, 11, 753-768], with the nearby guanidino nitrogen being ~0.5 Å closer to, and the nearby H(δ) about 1 Å further from, the NO ligand than in the X-ray structure. The difference might be related to the structural constraints imposed on the protein by the crystal. Importantly, in spite of its closer position, the guanidino nitrogen does not form a hydrogen bond with the NO ligand, as evidenced by the absence of significant isotropic hfi constant for N(g1). This is consistent with the previous reports that it is not the L-Arg substrate itself that would most likely serve as a direct proton donor to the diatomic ligands (NO and O(2)) bound to the heme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».