The Role of the Conserved Box E Residues in the Active Site of the Escherichia coli Type I Signal Peptidase
Notice bibliographique
Résumé
Type I signal peptidases are integral membrane proteins that function to remove signal peptides from secreted and membrane proteins. These enzymes carry out catalysis using a serine/lysine dyad instead of the prototypical serine/histidine/aspartic acid triad found in most serine proteases. Site-directed scanning mutagenesis was used to obtain a qualitative assessment of which residues in the fifth conserved region, Box E, of the Escherichia coli signal peptidase I are critical for maintaining a functional enzyme. First, we find that there is no requirement for activity for a salt bridge between the invariant Asp-273 and the Arg-146 residues. In addition, we show that the conserved Ser-278 is required for optimal activity as well as conserved salt bridge partners Asp-280 and Arg-282. Finally, Gly-272 is essential for signal peptidase I activity, consistent with it being located within van der Waals proximity to Ser-278 and general base Lys-145 side-chain atoms. We propose that replacement of the hydrogen side chain of Gly-272 with a methyl group results in steric crowding, perturbation of the active site conformation, and specifically, disruption of the Ser-90/Lys-145 hydrogen bond. A refined model is proposed for the catalytic dyad mechanism of signal peptidase I in which the general base Lys-145 is positioned by Ser-278, which in turn is held in place by Asp-280.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».