Evidence for Anisotropic Coupling between the Protein Environment and the Copper Site in Azurin from Resonance Raman Spectroscopy
Notice bibliographique
Résumé
A key problem in biological electron transfer is the independent measurement of the parameters upon which the rate constant for electron transfer depends. In this paper, we report evidence that quantitative resonance Raman spectroscopy may be such an independent probe of the electronic coupling parameter in proteins. The resonance Raman cross-sections of four species of azurin have been measured throughout the ca. 600-nm absorption band. The total resonance Raman intensity, as quantified by the cross-sections, is very similar for the four azurins in the 200−700 cm -1 region. However, the resonance Raman intensity is distributed differentially among the vibrational modes, sometimes also accompanied by small frequency shifts. Correlations are attempted between this re-distribution of resonance Raman intensity and Cu−S bond length, Cu out-of-plane distance, backbone structure, and protein environment. Of these four parameters, the only significant correlation exists with the protein environment. A detailed analysis of the residues within 10 Å of the copper site demonstrates a strong, anisotropic coupling between the copper site and Trp48, a residue previously implicated in intramolecular electron transfer pathways of azurin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».