Review of: Methylation of estrogen receptor β promoter correlates with loss of ER-β expression in mammary carcinoma and is an early indication marker in premalignant lesions
Notice bibliographique
Résumé
Citation of original article: A. Rody, U. Holtrich, C. Solbach, K. Kourtis, G. von Minckwitz, K. Engels, S. Kissler, R. Gätje, T. Karn, M. Kaufmann. Methylation of estrogen receptor β promoter correlates with loss of ER-β expression in mammary carcinoma and is an early indication marker in premalignant lesions. Endocrine-Related Cancer 2005; 12: 903–916. Abstract of the original article The function of estrogen receptor beta (ER-β) in mammary tissue is not completely understood. While early observations were often conflicting, more recent data suggest an important role as a tumor-suppressor gene. A decrease of ER-β expression has been observed in ductal carcinoma in situ and invasive carcinomas as compared with benign mammary epithelial cells. The loss of ER-β resulted in abnormal growth of mammary epithelial cells. We have previously shown that the mRNA expression of the ER-β gene is almost totally suppressed in breast carcinomas from patients with a poor prognosis. Here we analyzed whether methylation changes in the different promoters of ER-β are responsible for the loss of expression of the gene. A methylation assay with high specificity and sensitivity was developed, and a panel of breast tissue samples (n = 175) was characterized for methylation status. In contrast to benign breast, more than two-thirds of invasive breast cancers showed a high degree of methylation. Importantly, increased methylation was also detectable in numerous premalignant lesions. By analysis of breast tumors, previously characterized by gene-expression profiling, methylation was predominantly detected in a subgroup of patients with an unfavorable prognosis, suggesting a possible prognostic value of the ER-β methylation status. We also investigated the structural characteristics of the two ER-β promoters, which were both found to be closely associated with a second, downstream, localized and opposite-oriented promoter. However, we could not detect endogenous antisense RNA transcribed from these promoters, which may be involved in epigenetic gene silencing. We also failed to induce ER-β promoter methylation by expressing siRNAs in cell lines. Interestingly, by comparing the promoter sequences of ER-β with other genes known to be epigenetically inactivated in breast cancers, we identified a sequence motif possibly involved in promoter methylation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,007 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».