High Analytical Sensitivity and Low Rates of Inhibition May Contribute to Detection of <i>Chlamydia trachomatis</i> in Significantly More Women by the APTIMA Combo 2 Assay
Notice bibliographique
Résumé
The clinical sensitivity of nucleic acid amplification tests may be determined by analytical sensitivity and inhibitors in patient samples. We established endpoints for detection of propagated Chlamydia trachomatis L2 434, diluted according to swab and urine protocols for APTIMA Combo 2 (AC2), ProbeTec ET (PT), and Amplicor (AMP) assays. AC2 was 1,000-fold more sensitive than PT and 10-fold more sensitive than AMP on mock swab specimens. For urine, AC2 analytical sensitivity was 100-fold greater than those of the other assays. Spiking an aliquot of each clinical-trial sample from 298 women demonstrated inhibition rates in first-void urine (FVU), cervical swabs (CS), and vaginal swabs (VS) of 12.1%, 12.8%, and 10.4% for AMP; 27.2%, 2%, and 2%, for PT; and 0.3%, 1.7%, and 1.3% for AC2. Inhibition of our C. trachomatis spike and the PT or AMP amplification controls from the manufacturers showed less than 50% correlation. Using an infected-patient reference standard (a specimen positive in at least two tests or a single test positive in two of three samples) in AC2, the VS identified 68/69 (98.6%) infected women compared to CS (89.9%) or FVU (81.2%). Significantly fewer women were identified by PT (65.2%, 63.8%, and 66.7%) or AMP (65.2%, 59.4%, and 56.5%) with the three specimens. By individual specimen type, AC2 confirmed virtually all PT- and AMP-positive specimens, but rates of AC2 confirmation by AMP or PT ranged from 62.9 to 80.3%. The AC2 test identified significantly more women infected with C. trachomatis (P = 0.001). Vaginal swabs appear to be the specimen of choice for screening.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».