Identification and Characterisation of a Bryophyte Polyphenol Oxidase Encoding Gene from <i>Physcomitrella patens</i>
Notice bibliographique
Résumé
Polyphenol oxidases (PPO) are enzymes of secondary plant metabolism that catalyse the oxidation of polyphenols to quinones. Because of their ubiquitous appearance in the plant kingdom, an important role is assumed; however, the exact physiological function of PPOs remains unclear. In this work, the identification, cloning, and characterisation of a bryophyte PPO from the moss Physcomitrella patens is presented. PPO activity from protein extracts was determined polarographically after activation by SDS. Four Physcomitrella ESTs with homologies to known plant PPOs were selected from publicly accessible databases, and PCR experiments demonstrated that they belong to the same gene, named Pp_ppo1. The identified cDNA was found to be 2402 bp long, containing a single open reading frame of 1611 bp encoding for a 536 amino acid protein with a molecular mass of 60.1 kDa. Cloning and sequencing of a genomic part of Pp_ppo1 revealed the presence of a 94-bp intron. The time course of Pp_ppo1 gene expression in liquid culture was monitored by real time RT-PCR, revealing increasing transcription levels until the 4th day, a maximum between the 4th and the 8th day, and decreasing transcription until the 12th day. A comparison of the deduced amino acid sequence of Pp_ppo1 with seed plant PPOs revealed similarities such as the presence of two highly conserved copper-binding domains and a similar pattern of hydrophobic regions, but also differences such as a stronger membrane association and a shorter signal sequence, thus reflecting the phylogenetic distance of Physcomitrella from seed plants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».