Genetic analyses and molecular characterization of the pathways involved in the conversion of 2‐phenylethylamine and 2‐phenylethanol into phenylacetic acid in <i>Pseudomonas putida</i> U
Notice bibliographique
Résumé
In Pseudomonas putida U two different pathways (Pea, Ped) are required for the conversion of 2-phenylethylamine and 2-phenylethanol into phenylacetic acid. The 2-phenylethylamine pathway (PeaABCDEFGHR) catalyses the transport of this amine, its deamination to phenylacetaldehyde by a quinohaemoprotein amine dehydrogenase and the oxidation of this compound through a reaction catalysed by a phenylacetaldehyde dehydrogenase. Another catabolic route (PedS(1)R(1)ABCS(2)R(2)DEFGHI) is needed for the uptake of 2-phenylethanol and for its oxidation to phenylacetic acid via phenylacetaldehyde. This implies the participation of two different two-component signal-transducing systems, two quinoprotein alcohol dehydrogenases, a cytochrome c, a periplasmic binding protein, an aldehyde dehydrogenase, a pentapeptide repeat protein and an ABC efflux system. Additionally, two accessory sets of elements (PqqABCDEF and CcmABCDEFGHI) are necessary for the operation of the main pathways (Pea and Ped). PqqABCDEF is required for the biosynthesis of pyrroloquinoline quinone (PQQ), a prosthetic group of certain alcohol dehydrogenases that transfers electrons to an independent cytochrome c; whereas CcmABCDEFGHI is required for cytochrome c maturation. Our data show that the degradation of phenylethylamine and phenylethanol in P. putida U is quite different from that reported in Escherichia coli, and they demonstrate that PeaABCDEFGHR and PedS(1)R(1)ABCS(2)R(2)DEFGHI are two upper routes belonging to the phenylacetyl-CoA catabolon.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».