Development of Multiplex PCR Assays for the Identification of the 33 Serotypes of Streptococcus suis
Notice bibliographique
Résumé
Streptococcussuis is an important zoonotic agent causing severe diseases in pigs and humans. To date, 33 serotypes of S. suis have been identified based on antigenic differences in the capsular polysaccharide. The capsular polysaccharide synthesis (cps) locus encodes proteins/enzymes that are responsible for capsular production and variation in the capsule structures are the basis of S. suis serotyping. Multiplex and/or simplex PCR assays have been developed for 15 serotypes based on serotype-specific genes in the cps gene cluster. In this study, we developed a set of multiplex PCR (mPCR) assays to identify the 33 currently known S. suis serotypes. To identify serotype-specific genes for mPCR, the entire genomes of reference strains for the 33 serotypes were sequenced using whole genome high-throughput sequencing, and the cps gene clusters from these strains were identified and compared. We developed a set of 4 mPCR assays based on the polysaccharide polymerase gene wzy, one of the serotype-specific genes. The assays can identify all serotypes except for two pairs of serotypes: 1 and 14, and 2 and 1/2, which have no serotype-specific genes between them. The first assay identifies 12 serotypes (serotypes 1 to 10, 1/2, and 14) that are the most frequently isolated from diseased pigs and patients; the second identifies 10 serotypes (serotypes 11 to 21 except 14); the third identifies the remaining 11 serotypes (serotypes 22 to 31, and 33); and the fourth identifies a new cps cluster of S. suis discovered in this study in 16 isolates that agglutinated with antisera for serotypes 29 and 21. The multiplex PCR assays developed in this study provide a rapid and specific method for molecular serotyping of S. suis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».